En 1989, l'association des Fils et filles de déportés juifs de France de Serge Klarsfeld, la Fédération nationale des déportés et internés résistants et patriotes et la Ligue des Droits de l'Homme, déposèrent plainte contre René Bousquet pour crimes contre l'humanité dans le cadre du dossier de la déportation de 194 enfants de six départements du sud de la France. Il fut inculpé en 1991 et l'instruction était achevée lorsqu'il fut assassiné de cinq balles par Christian Didier le 8 juin 1993. Ce dernier sera condamné par la Cour d'assises de Paris en novembre 1995 à dix ans de prison pour être libéré le 24 février 2000 de la prison centrale de Toul.
Ainsi, René Bousquet n'a jamais été jugé pour crimes contre l'humanité et bénéficie de ce fait de la présomption d'innocence. Il est enterré au cimetière de Larrazet dans le Tarn-et-Garonne.
L'ouvrage de Henri Raczymow, L'homme qui tua René Bousquet[11], contribue à une introduction à des recherches sur la personnalité de Christian Didier. L'Humanité regretta au moment du procès de Christian Didier[12] « qu’il n’y ait pas d’association de victimes de la répression nazie pour demander, comme l’avait fait Me Alain Lévy, avocat de la FNDIRP[13] : à qui profite le crime ? La réponse ne serait sûrement pas à chercher du côté des victimes. C’est à Bousquet et à ses amis que Christian Didier a rendu service. »

Lire ce paragraphe : Après la guerre http://fr.wikipedia.org/wiki/Ren%C3%A9_Bousquet

